Gakusen Toshi Asterisk Musim ke-2 melanjutkan kisah siswa Genestella Ayato Amagiri dan Julis-Alexia von Riessfeld, yang telah maju ke putaran berikutnya Phoenix Festa setelah pertempuran yang panjang dan berat dengan saudara perempuan Irene dan Priscilla Urzaiz.

Terlepas dari upaya terbaik Julis dan Ayato, fakta bahwa kekuatan Ayato telah disegel bukan lagi rahasia. Sekarang pada kerugian besar, keduanya harus datang dengan rencana jika mereka ingin memiliki harapan untuk memenangkan Phoenix Festa. Hanya satu hal yang pasti: masalah menuju ke arah mereka hanya akan mendapatkan lebih banyak diatasi dari sekarang.